Дирекция ООПТ выполняет ряд функций по организации и обеспечению функционирования особо охраняемых природных территорий республики, занимается надзором и охраной особо охраняемых природных территорий, осуществлением мер по сохранению и восстановлению биологического и ландшафтного разнообразия, уникальных и типичных природных комплексов и объектов, достопримечательных природных образований, животного и растительного мира, в том числе включенных в Красную книгу Республики Башкортостан.