Создание национального парка «Ладожские шхеры» было впервые предложено в конце 1980-х годов специалистами Карельского научного центра РАН (руководитель темы С.В. Сазонов) в рамках Территориальной комплексной схемы охраны природы в Карелии.
Тогда же сотрудниками Лаборатории охраны природы Института леса Карельского НЦ РАН и признанным отечественным специалистом по национальным паркам Н.М. Забелиной (ВНИИприрода, г. Москва) было проведено рекогносцировочное обследование, которое подтвердило высокую природоохранную и рекреационную ценность территории.
Постановлением Правительства РФ от 28 декабря 2017 г. N 1684 создан национальный парк "Ладожские шхеры".